ABI

Bref historique

L’Atelier de BioInformatique (ou ABI) est une structure ouverte regroupant des enseignants-chercheurs, chercheurs et étudiants désirant travailler à l'interface entre Biologie, Informatique et Mathématiques dans un environnement multidisciplinaire.
Cette structure fondée en 1986 à l’Institut Curie a rejoint l’UFR des Sciences de la Vie de l’UPMC en 1996. L'ABI est l'une des structures ayant accompagné l’essor de la bioinformatique en France (1) . Ainsi, parmi les nombreux chercheurs qui ont pris part à la vie de l’ABI, certains aujourd’hui sont devenus des référents de la bioinformatique dans plusieurs grands organismes de recherche : à l’INRIA, au CNRS et au CEA.

Situation actuelle

L'ABI est un lieu de travail, de formation, et d’échanges pour les chercheurs, enseignants-chercheurs et étudiants. Il accueille des enseignants- chercheurs et des chercheurs souhaitant traiter leur sujet de recherche par l’approche bioinformatique mais il accompagne également des reconversions vers la bioinformatique. A la différence d’une plateforme ou d’une unité de service, l’Atelier apporte bien plus qu'un travail « à façon » en permettant à chacun de partager ses connaissances, de faire part de ses ideées et surtout de les confronter dans un environnement multidisciplinaire. Conformément à son objectif de formation, l’ABI est le lieu d'accueil de nombreux étudiants. Ces stagiaires, doctorants et post-doctorants (35 depuis 2008) provenant de divers laboratoires ou formations bénéficient de l'environnement multidisciplinaire de l'ABI pour développer l’aspect bioinformatique de leur travail de recherche. Le travail est mené en étroite collaboration avec leur laboratoire d'appartenance.
L’ABI existe aujourd’hui sous la forme d’un service autofinancé de l’UFR qui ne demande pas de moyens récurrents ni à l’Université ni à l’UFR. En effet, depuis 2008, il a bénéficié de 7 contrats de recherche totalisant plus de 565 000 euros. Depuis 2008, les travaux de l’ABI ont donné lieu à 55 publications dans des revues internationales ou dans des actes de conférences à comité de lecture ainsi qu’à plusieurs logiciels mis en ligne.
Les 9 membres permanents actuels de l’ABI sont principalement des enseignants-chercheurs de l’Université Pierre et Marie Curie. Trois membres associés actuellement à l'ABI proviennent d’autres universités (UVSQ et Université Paris 13) ou organismes de recherche (INRA). Les membres de l’ABI appartiennent pour la plupart à une UMR ou équipe d’accueil liée à l’UFR des Sciences de la Vie de l’UPMC.
L’ABI est fortement investi dans la formation universitaire de l'université. D’ailleurs la plupart des réunions d’enseignements liés à la division de Bioinformatique se tiennent à l’ABI. L’ABI a eu, et possède toujours, une place centrale dans la mise en place et la responsabilité des enseignements d’informatique et de bioinformatique de l’UFR des Sciences de la Vie.

(1) A Danchin, A brief history of genome research and bioinformatics in France, Bioinformatics (2000), vol 16(1) pp 65-75