FORMULAIRE POUR L'EVALUATION D'ALIGNEMENTS MULTIPLES


Voir une explication succinte de la méthode




Coller un alignement Multiple

(au format fasta ou clustal)

OU


Télécharger de un à 10 fichiers
Ces fichiers sont prioritaires sur le champ texte d'alignement au dessus
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

Choix de la matrice

Type de calcul de score avec pondération des séquences
sans pondération des séquences
Réponse détaillée
oui non

Affichage de la valeur de pondération obtenue pour chaque séquence (si demandée pour le calcul du score) et du score par colonne de l'alignement




Optimisation de l'alignement multiple soumis


Pas encore disponible
oui non

Cette option permet d'obtenir un alignement optimisé au niveau des gaps. Le programme calcule le gain de score éventuellement en déplaçant les acides aminés aux extrémités de chaque gap. Il est renvoyé le nouveau score et le nouvel alignement est téléchargeable au format fasta.


Modifier les valeurs de pénalités des gaps de l'alignement

IL FAUT SPECIFIER LES 9 VALEURS EN MEME TEMPS (par défaut, elles seront calculées à partir de la matrice de substitution) note: les valeurs définies par défaut dépendent de la matrice de substitution choisie l'ouverture de gap vaut 3 fois la valeur minimale de la matrice et l'extension/fermeture la moitié de la valeur minimale
Gap d'ouverture Gap d'extension Gap de fermeture
Gap ouverture/ouverture Gap extension/extension Gap fermeture/fermeture
Gap ouverture/extension Gap ouverture/fermeture Gap extension/fermeture