Déroulement d'une recherche de motif avec Palingol

Utiliser Palingol

Pour rechercher un motif au moyen de Palingol, il faut tout d'abord en écrire la description (structure.p sur le shéma) en respectant la syntaxe du langage.

Le programme de recherche Palingol se compose de deux parties :

Le moteur de recherche ne travaille pas directement sur la banque (Sequences.fasta), mais sur la liste (Sequences.pal), calculée auparavant, de tous ses palindromes, qui sont autant d'hélices potentielles. N'importe quel programme peut être utilisé pour produire cette liste, qui doit juste respecter la convention utilisée par Palingol pour l'ordre des palindromes. Nous donnerons donc à ce programme un nom générique : "Helix search". Palingol est livré avec un programme de recherche de palindromes, nommé Palamou car il permet de tenir compte de n'importe quel type d'appariements entre bases.

Fonctionnement de Palingol

Palingol sélectionne un palindrome candidat pour être l'hélice 1, et vérifie une à une les contraintes sur cette hélice (contraintes de type helix). Dès qu'une contrainte n'est pas vérifiée, il s'arrête et prend le palindrome suivant. Quand il a trouvé un palindrome susceptible d'être l'hélice 1, il prend le suivant comme candidat pour l'hélice 2, vérifie les contraintes, et tant qu'elles ne sont pas toutes vérifiées, passe au suivant (dans la limite de la contrainte de span) etc. jusqu'à avoir toutes les hélices nécessaires. Ensuite, il vérifie les contraintes de type cross sur cet ensemble d'hélices, et à nouveau, s'arrête dès qu'une contrainte n'est pas vérifiée.