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Recherche de motifs connus

Nous avons écrit des descriptions en Palingol pour plusieurs motifs connus :

Dans tous les cas, les résultats sont les mêmes que ceux trouvés par les programmes "classiques" dédiés à ces structures, puisque les description Palingol représentent (avec plus ou moins de facilité) les mêmes contraintes.

Analyse de contraintes

Parmi un ensemble de contraintes définissant une structure, on cherche à définir lesquelles sont les plus discriminantes. Pour celà, on peut aisément explorer tout un ensemble de variantes autour d'une description en Palingol, et étudier, par exemple, comment varie le taux de faux positifs lorsqu'on relâche progressivement une contrainte, ou comment deux contraintes peuvent se compenser mutuellement.

Dns une telle approche, Palingol, joue le rôle d'un effecteur artificiel et modelable, dont on étudie la spécificité de reconnaissance d'un motif dans l'ensemble d'un génome.

Morphométrie moléculaire

La morphométrie moléculaire consiste à comparer des espèces (à des fins de taxinomie ou de phylogénie) en utilisant comme caractères les paramètres définissant une structure d'acide nucléique. Cette structure doit être conservée mais variable, la proximité entre espèces étant supposer liée à une plus grande ressemblance des structures. Cette approche s'apparente à la morphométrie anatomique classique, mais bénéficie des avantages de l'étude de caractères moléculaires : les variations observées sont le fait d'un petit nombre de mutations identifiables, et ne sont pas soumises à la variabilité phénotypique individuelle.

Le langage Palingol permet de décrire une structure commune en autorisant un intervalle de valeurs possibles pour chaque élément variable. Un occurence de la structure est alors identifiée dans chaque espèce étudiée. Pour chaque espèce, les valeurs des paramètres effectivement observés fournit un jeu de caractères qui sont analysés selon les méthodes classiques (Neighbor Joining, parcimonie, analyse multivariée, etc.).