Perspectives

Améliorer Palingol

Ordre des hélices et des contraintes

Dans son état actuel, Palingol ne permet de tester les hélices que dans un ordre précis. Or, la démarche la plus rapide pour identifier des structures dans une banque consiste à vérifier les contraintes en commençant par les plus strictes. On aurait donc intérêt à pouvoir choisir librement l'ordre de description des hélices, pour commencer par décrire les contraintes les plus fortes en premier.

Il n'est d'ailleurs pas toujours évident de deviner a priori quelle contrainte échoue le plus souvent. On peut imaginer un outil d'optimisation indiquant la fréquence d'échec de chaque contrainte sur un échantillon-test de séquences.

Prétraitement pour la recherche de palindromes

Le passage par une phase de prétraitement présente certains avantages :

L'inconvénient du prétraitement est surtout qu'on produit une liste exhaustive de palindromes, sachant qu'ils seront presque tous rejetés. Si, par exemple, une structure comporte une hélice très longue, cette hélice aura peu de représentants potentiels parmi les palindromes. On va quand même examiner un à un tous les palindromes de la liste, et vérifier au moins une ou deux contraintes sur chacun avant de décider de passer au suivant.

Une alternative serait de ne générer les palindromes qu'au moment de l'examen des contraintes. Ainsi, notre hélice très longue ne demandera l'examen que de peu de contraintes.

Les deux méthodes présentent leurs avantages et inconvénients, et le choix entre prétraitement et génération des palindromes "au vol" doit se faire au cas par cas. Cette possibilité sera donc implémentée en tant qu'option.

Bulges

La version actuelle de Palingol ne permet qu'une prise en compte limitée des bulges : une caractéristique d'une hélice peut être de présenter un ou plusieurs bulges, mais Palingol ne sait pas (encore !) traiter la position, le contenu, etc. de ces éléments.

De plus, Palamou, le programme de recherche de palindromes livré avec Palingol, ne génère pas de palindromes comportant des bulges. Une hélice avec bulge doit donc être considérée comme une paire d'hélices.

Intégrer Palingol dans Imagene

Imagene est un environnement intégré d'analyse de génomes complets. Il permet de représenter les connaissances biologiques (gènes, signaux, etc.) et méthodologiques dans un même modèle à objet. Les différents outils s'analyse y sont reliés sous forme de "stratégies" modifiables et contrôlables par l'utilisateur.

Palingol peut être intégré dans Imagene sous trois formes :