ABI

Joel Pothier

L'idée principale qui sous-tend mon travail en bioinformatique structurale proprement dite est qu’une description adéquate de la structure des protéines peut se combiner avec des algorithmes de recherche de répétitions ou d’alignements. Cette combinaison permet d'obtenir des méthodes efficaces par rapport aux méthodes traditionnelles, où l'on utilise une représentation "atomique" de la structure protéique. La structure des protéines est décrite comme un texte ou une séquence. Cette vision alternative de la structure est pertinente du point de vue de l'évolution et /ou de la classification des structures protéiques.
Ceci m’a amené au développement d'algorithmes, implémentés dans plusieurs logiciels, de recherche de sous-structures similaires dans deux ou plusieurs structures de protéines simultanément (alignements structuraux 3D, criblage de banques 3D).
Je me suis aussi intéressé à la classification d’objets structurés par des méthodes utilisant les graphes. L’idée ici est d’élaguer la transitivité de la relation de ressemblance d’objet comparés deux à deux qui rend le graphe de similarité totalement connexe (par exemple, le graphe de similarité des structures de protéines PDB) et donc difficile à classifier, en passant dans l’espace du graphe adjoint, où un sommet est un alignement 2 à 2 et où un arc est la partie commune aux deux alignements. Dans cet espace, on peut décider de ne conserver que les groupes d’alignements ayant suffisamment de points communs, pour revenir à un graphe initial élagué (ou enrichi) classifiable de manière plus pertinente.