ABI

Martine Boccara

Mes premiers contacts avec l’ABI sont liés à l’enseignement : avec Joel Pothier et Michèle Bouvier nous avons crée un enseignement pratique original basé sur la cartographie de marqueur moléculaires, l’etablissement d’une carte génétique et le positionnement de caractères quantitatifs choisis par les étudiants (Genetique et génome des plantes de 1996 à 2003).
Ces contacts se sont élargis à certains thèmes de recherche développés à l’ABI qui concernent le repliement des protéines. Mathilde Carpentier a effectué son DEA sous la direction conjointe de Joel Pothier et moi-même. Puis alors que Mathilde était en thèse elle a contribué à l’annotation du génome d’Erwinia chrysanthemi.
En année sabbatique en 2003 je me suis rendue dans le laboratoire du Dr Baulcombe à Norwich pour construire des banques de petits ARN. Cette classe d’ARN régulateurs venait d’être découverte et les outils d’analyse étaient encore balbutiants. Avec Bernard Billoud nous avons cherché à annoter des banques de petits ARN et Bernard a développé plusieurs outils d’analyse et de prédiction. Nous avons sur ce sujet encadré deux étudiants de M2: Vincent Joly et Alexis Sarrazin (période 2003-2007) (3 publications).
En 2004 Alessandra Carbone a créée un enseignement de master en bioinformatique. Grâce aux contacts tissés pendant toutes ces années avec l’ABI, j’ai proposé un enseignement de biologie adapté aux futurs bioinformaticiens dans differentes UE et en particulier en AAGB. Cet enseignement concerne également maintenant Mathilde Garcia (membre du laboratoire d’Alessandra Carbone),et Catherine Venien-Bryan (UPMC).
Depuis 2012 j’ai rejoins le groupe de Chris Bowler à l’ENS qui est associé au projet TARA. Ma longue histoire avec la virologie a motivé les projets que je conduis dans ce groupe. Les résultats de métagénomique sollicitent les outils de la bioinformatique et j’ai entamé avec Mathilde Carpentier, Joel Pothier, Bernard Billoud, Guillaume Sapriel, Sophie Brouillet de jeter les bases d’une annotation structurale des metagénomes viraux qui sont à 90% inconnus et plus particulièrement les fractions de petite taille de la mission TARA. Mathilde est la coordinatrice du PEPS VAG que nous avons obtenu et qui a été reconduit. Nous sommes associés au groupe de François Coste à Rennes et nous nous reunissons regulièrement.
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